Missionen blandt Hjemløses arbejde ledes af bestyrelser.
Mændenes Hjem og Kollegiet Gl. Køge Landevej er selvejende institutioner med egne bestyrelser.
Missionen blandt Hjemløses væresteder og opsøgende arbejde har en fælles styregruppe, mens Værestedet i Sydvest ledes og administreres af støtteforeningen Værestedets Venners bestyrelse.
Fra 2012 ser bestyrelserne sådan ud:
Missionen blandt Hjemløses bestyrelse
Hanne Thomsen (formand Missionen blandt Hjemløse)
Niels Andersen
Svend Aage Hjelm (Kontaktperson for det opsøgende arbejde & værestederne)
Kirsten Fog Hjort
Anja Holgaard
Jens Johansen (formand Mændenes Hjem)
Jens Andreas Christensen (formand Kollegiet Gl. Køge Landevej)
Sekretariatsleder: Mia Sørup
Mændenes Hjems bestyrelse
Jens Johansen (formand)
Niels Andersen (næstformand)
Lotte Thim Berthelsen
Serap Erkan
Vibeke Bruun Toft
Joy Banesborg (medarb. rep.)
Kollegiet GL. Køge Landevejs bestyrelse
Jens Andreas Christensen
Anna Flyverbom
Hanne Thomsen
Mads Engholm
Forstander: Nikolaj Olsen
Væresteder og Opsøgende arbejdes styregruppe
Svend Åge Hjelm (kontaktperson til hovedbestyrelsen)
Kirsten Fog Hjorth
Anja Holgaard
Leder for Væresteder og Opsøgende arbejde: Anders Sørensen
Værestedsleder for Amadeus og Pegasus: Jørgen Hansen
Bestyrelse for Støtteforeningen Værestedet i Sydvests Venner
Anders Sørensen, Missionen blandt Hjemløse (formand)
Thomas Nedergaard
Helle Jeppesen
Kjeld Bødker
Jan Jørgensen, brugerrepræsentant